【0円納付】年末調整で還付が少ない・ゼロだった場合の対処法と納付方法

中小企業の経理担当者や経営者の皆さま、社員からこんな質問を受けたことはありませんか?

「年末調整で還付されると思ってたのに、0円だったんですけど…?」

「今年は戻ってくるどころか、逆に追納って言われました…?」

多くの従業員が「年末調整=税金が戻ってくるもの」と認識しているため、還付がない、もしくは納付額が発生すると混乱や不満が生じやすくなります。

本記事では、年末調整で還付が0円(ゼロ)または少額だった理由とその対処法、納付が必要になった場合の対応方法まで徹底解説します。

この記事を読むことで、従業員対応のヒントが得られ、会社としても正確な説明ができるようになります。

特に、年末調整の担当をされている経理・人事担当者の方、初めての年末調整を担当する方にはぜひ最後までご覧いただきたい内容です。


そもそも年末調整とは?目的を再確認

年末調整とは、1年間に給与から源泉徴収した所得税額と、実際の納税額との差を精算する制度です。

本来、所得税は「年収」「扶養の有無」「控除の種類」などを総合的に計算して決まりますが、毎月の給与天引きでは概算で税額を算出しています。

そのため、12月の給与支給時に、過不足を調整するのが「年末調整」なのです。


【注意】年末調整で還付されるとは限らない

「還付=当たり前」ではない

年末調整では、多くの人が「還付される」と思いがちですが、実際には以下のようなケースで還付されない、または納付になることもあります。

状況 還付 or 納付? 理由
所得控除が少ない(扶養なしなど) 還付なし or 納付 控除が少ないため、源泉徴収の金額と実税額がほぼ一致または不足するため
中途入社で源泉徴収額が少なかった 納付 年間の所得に対する税額が上回った結果、年末に追加納付が必要
副業収入がある 納付 他の収入と合算されることで課税所得が増え、源泉税額が不足
住宅ローン控除を適用していない 還付なし 控除申請がないと税額が減らない(初年度は確定申告が必要)
所得控除書類の提出漏れ 還付なし or 納付 保険料控除、扶養控除の申告がないと、所得控除が減り税額が高くなる

【還付が0円・少ない理由】よくある5つのパターン

① 扶養親族がいない・扶養控除申告をしていない

独身、または扶養親族がいない社員は、扶養控除による減税効果がなく、源泉徴収と最終税額がほぼ一致しやすいです。

また、「扶養控除等申告書」の未提出でも同様の事態が起こります。

② 中途入社・転職により控除不足

年間で複数社に勤務している場合、源泉徴収額が分散していて不足しやすく、還付ではなく納付が発生するケースが多くあります。

特に、前職と現職を合算した年間所得が一定額を超えると、追加で課税されます。

③ 所得控除(保険料・住宅ローン控除)の申告漏れ

生命保険料控除や地震保険料控除、iDeCoや小規模企業共済の控除証明書が未提出の場合、控除が反映されず税額が高くなります。

また、住宅ローン控除は初年度は年末調整ではなく確定申告が必要なため、誤解して提出しない方も多く、還付が得られません。

④ 副業や臨時収入がある

副業・原稿料・講演料などの給与以外の所得がある場合、年末調整では反映されず課税額が増える可能性があります。

その結果、年末調整では還付がなく、確定申告で追納するケースもあります。

⑤ 月次の源泉徴収額が正確に計算されていた

毎月の給与計算時に正確な税額が源泉徴収されていた場合、そもそも還付の余地がないため0円納付になります。


【対処法】還付がない・納付になったときの対応ステップ

ステップ①:源泉徴収票を確認する

まずは源泉徴収票の「源泉徴収税額」「所得控除額」「支払金額」を確認し、不足や過剰な徴収がなかったかを見ます。

「0円納付」の場合は、源泉徴収額と年税額が一致していることがほとんどです。

ステップ②:控除証明書の提出漏れを確認

  • 生命保険料控除証明書

  • 地震保険料控除証明書

  • iDeCo、小規模企業共済掛金払込証明書

これらが未提出の場合、確定申告で取り戻すことが可能です。

ステップ③:確定申告で控除適用・納税対応

住宅ローン控除の初年度など、年末調整で対応できなかった控除は確定申告で取り戻すことができます。

また、納付が必要な場合は、確定申告後に送付される納付書を使って、税務署や金融機関で支払います。


【会社側の対応】社員からの問い合わせがあったら?

  • 「年末調整では控除対象外の場合もあります」と制度の仕組みを説明する

  • 「源泉徴収票を確認してください」と案内し、控除の有無をチェック

  • 「必要に応じて確定申告を行ってください」と明確に伝える

  • 「住宅ローン控除は初年度は確定申告です」など、個別対応の必要性を伝える

※できれば、年末調整時に事前に社員へ注意事項を案内しておくとトラブル防止につながります。


まとめ

年末調整で「還付がない」「0円納付だった」「逆に納付になった」──これらは、制度上よくあることであり、必ずしもミスではありません。

重要なポイントは次の通りです。

  • 還付の有無は、扶養状況や所得控除の有無、月次の徴収状況に依存する

  • 控除漏れがあった場合は、確定申告で還付が可能

  • 会社側は、社員からの問い合わせに備え、制度の説明と源泉徴収票の確認を促すことが重要

弊社では、年末調整の代行・社員向け案内資料の作成支援・確定申告の相談対応まで幅広くサポートしております。

「社内対応に限界を感じている」「毎年同じ質問が繰り返される」などでお悩みの方は、ぜひ一度ご相談ください。

正しい理解と丁寧な対応が、トラブルを未然に防ぐ最大のポイントです。

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